การผลิตปลาดุกส่วนใหญ่เกิดขึ้นในบ่อดินขนาด 5 ถึง 10 เอเคอร์ โดยมีจำนวนค่อนข้างน้อยที่ผลิตในกระชังและร่องน้ำ ระบบการผลิตใหม่ที่พัฒนาขึ้นที่มหาวิทยาลัยแห่งรัฐมิสซิสซิปปี ระบบบ่อแยกนั้นแสดงให้เห็นแล้วว่าช่วยเพิ่มผลผลิต และเกษตรกรเริ่มเพิ่มระบบเหล่านี้ในฟาร์มของตน  ปลาดุกเลี้ยง งแบบหลายชุด ปลาดุกขนาดเล็ก (fingerlings) มักจะเลี้ยงในแต่ละฤดูใบไม้ผลิและปลาขนาดตลาดจะถูกคัดออกเป็นระยะโดยการจับปลา บ่อถูกปล่อยทิ้งไว้เพื่อการผลิตเป็นเวลาหลายปีโดยไม่ระบายน้ำออก เนื่องจากของเสียจะถูกกำจัดออกด้วยกระบวนการทางธรรมชาติภายในบ่อ ในการผลิตแบบชุดเดียว ปลาดุกนิ้วจะถูกเลี้ยงและเติบโตจนกระทั่งปลาเกือบทั้งหมดมีขนาดเท่ากับตลาด จากนั้นจึงจับปลาทั้งสระในคราวเดียว จากนั้นจึงปล่อยปลาในบ่อใหม่ ในการผลิตอาหารปลาดุก วัตถุดิบอาหารสัตว์บดจะถูกผสมและส่งผ่านเครื่องอัดรีด ส่งผลให้อาหารเม็ดลอยได้ ในการให้อาหารปลา เกษตรกรใช้ถังพักบนรถบรรทุกหรือรถพ่วงที่มีเครื่องเป่าลมที่ยิงเม็ดอาหารเหนือผิวน้ำ ดังนั้น การตอบสนองการให้อาหารของปลาจึงตรวจสอบได้ง่ายเพื่อให้แน่ใจว่าปลาได้รับอาหารเพียงพอแต่ไม่มากเกินไป