ในกรณีอื่นๆ วิธีเตรียมอาหารอาจส่งผลต่อจุลินทรีย์ในลำไส้ด้วย ในบางกรณี การปรุงอาหารสามารถลดเอนไซม์ต่อต้านจุลินทรีย์ในผักดิบที่อาจเป็นอันตรายต่อจุลินทรีย์ที่เป็นประโยชน์ได้ 4อย่างไรก็ตาม ในอีกทางหนึ่ง อาหารดิบบางชนิดสามารถเป็นแหล่งโภชนาการที่ดีกว่าและทำหน้าที่เป็นพรีไบโอติกที่เป็นประโยชน์ได้หากมีข้อสงสัย อย่าต้ม ผักสด การต้มผักมักส่งผลให้วิตามินที่ละลายน้ำหลุดออกไปในน้ำโดยรอบ แม้ว่าคุณจะลวกพืชอย่างรวดเร็วเพื่อรักษาคุณสมบัติที่เป็นประโยชน์ส่วนใหญ่ไว้ แต่สารอาหารเหล่านี้ก็สามารถออกจากพืชได้อย่างรวดเร็วและลดผลกระทบจากสารอาหาร 6วิธีที่ดีที่สุดในการเพิ่มประสิทธิภาพการบริโภคสารอาหารเหล่านี้คือการบริโภคของเหลวพร้อมกับผัก เช่น ในซุปหรือสตูว์