การใช้ยาปฏิชีวนะมากเกินไปในผู้ป่วยที่ติดเชื้อ SARS-CoV-2 ได้กลายเป็นข้อกังวลหลัก แนวปฏิบัติ 7 ข้อสำหรับ COVID-19 ได้ชี้ให้เห็นอย่างต่อเนื่องว่าควรหลีกเลี่ยงการใช้ยาปฏิชีวนะโดยไม่จำเป็น โดยเฉพาะอย่างยิ่งการใช้ยาปฏิชีวนะร่วมกันในวงกว้าง จากกรณีผู้ป่วยโควิด-19 จำนวน 1,099 ราย ผู้ป่วยส่วนใหญ่ (58.0%) ได้รับยาปฏิชีวนะทางหลอดเลือดดำ ( 12). นอกจากนี้ ซีรีส์หลายกรณีและการศึกษาแบบ cohort study ของผู้ป่วยโรคซาร์สยืนยันว่าสัดส่วนของผู้ป่วยที่ได้รับ ยาปฏิชีวนะ ยาปฏิชีวนะที่ใช้ในกรณีที่ไม่มีการติดเชื้อแบคทีเรียที่ได้รับการยืนยันอยู่ระหว่าง 50.0% ถึง 100.0% โดย 50.0% ถึง 96.0% ได้รับการรักษาด้วยการผสมผสาน ของยาปฏิชีวนะหลายชนิด การใช้ยาปฏิชีวนะเป็นเวลานานและการใช้สารหลายชนิดร่วมกันไม่เพียงแต่ไม่มีประสิทธิภาพในการดำเนินโรค แต่ยังทำให้เกิดภาวะแทรกซ้อน เช่น การติดเชื้อทุติยภูมิที่อาจเป็นอันตรายถึงชีวิต ( 13 - 18 ) อย่างไรก็ตาม ผู้เขียนบางคนแย้งว่าการใช้ยาปฏิชีวนะเพื่อป้องกันโรคในระยะแรกสามารถมีบทบาทในการป้องกันการติดเชื้อในผู้ป่วยโรคซาร์ส